ศูนย์วิจัยคณิตศาสตรศึกษาเน้นการบริหารงานแบบบูรณาการภายในหน่วยงาน โดยแบ่งการบริหารออกเป็น 6 ฝ่าย ดังนี้
A&A (Academic Affair)
R&D (Research and Development)
PDN (Professional Development and Networking)
TPI (Technology and Publication for Information)
IRC (International and Regional Cooperation)
EMO (Executive and Managerial Office)
CRME